Menurut Prof. R. Djokosutono, S.H, Negara merupakan suatu organisasi manusia atau kumpulan manusia-manusia yang berada di bawah suatu pemerintahan yang sama. Pemerintah ini merupakan suatu alat untuk bertindak demi kepentingan rakyat dalam mencapai tujuan organisasi Negara. Dalam menjalankan pemerintahan tersebut diperlukan suatu sistem agar apa yang dituju dapat tercapai. Sistem merupakan suatu keseluruhan, terdiri dari beberapa bagian yang mempunyai hubungan fungsionil terhadap keseluruhannya, sehingga hubungan menimbulkan suatu ketergantungan antara bagian-bagian yang akibatnya jika salah satu bagian tidak bekerja dengan baik, maka akan mempengaruhi keseluruhan dari bagian tersebut.
Pemerintahan dapat diartikan dalam dua arti, yaitu pemerintahan dalam arti sempit dan pemerintahan dalam arti luas. Pemerintahan dalam arti luas merupakan segala urusan yang dilakukan oleh negara dalam menjalankan kesejahteraan rakyat dan kepentingan negara sendiri, sedangkan pemerintahan dalam arti sempit merupakan tugas pemerintahan yang hanya menjalankan kekuasaan eksekutif saja. Maka dalam membicarakan sistem pemerintahan akan dibahas mengenai bagaimana pembagian kekuasaan serta hubungan-hubungan antara lembaga negara yang menjalankan kekuasaan di dalam suatu negara dalam rangka menjalankan kepentingan rakyat tersebut.Secara umum ada dua macam sistem pemerintahan yang berlaku di dunia yaitu sistem pemerintahan Presidensiil dan sistem pemerintahan Parlementer. Tetapi selain itu terdapat beberapa sistem pemerintahan yang merupakan variasi dari sistem pemerintahan presindensiil dan sistem pemerintahan parlementer, dan variasi tersebut melahirkan bentuk-bentuk sistem pemerintahan baru yang sesuai dengan kondisi ketatanegaraan masing-masing negara yang menerapkan sistem pemerintahan tersebut, contohnya adalah sistem pemerintahan Referendum yang berlaku di Negara Swiss.
Dalam sistem Parlementer terdapat hubungan yang erat antara badan perwakilan atau yang biasa disebut parlemen dengan badan ekesekutif. Hal ini terjadi karena adanya pertanggungjawaban semua tindakan Menteri kepada badan perwakilan tersebut (parlemen), maka setiap kabinet yang dibentuk harus memperoleh dukungan dari parlemen dengan suara terbanyak dan segala kebijakan pemerintah atau kabinet tidak boleh menyimpang dari apa yang ditetapkan oleh parlemen. Dari penjelasan tersebut, maka dapat ditarik prinsip-prinsip sistem pemerintahan parlementer antara lain:
(a) Kepala Negara tidak berkedudukan sebagai kepala pemerintahan karena ia hanya bersifat sebagai simbol nasional.
(b) Pemerintah dilakukan oleh sebuah kabinet yang dipimpin oleh Perdana Menteri.
(c) Kabinet bertanggung jawab kepada dan dapat dijatuhkan oleh parlemen dengan mosi. (Karena itu) kedudukan eksekutif (kabinet) lebih rendah dari (dan tergantung pada) parlemen.
Pada sistem pemerintahan Presidensiil, kedudukan eksekutif tidak bergantung kepada badan perwakilan (parlemen) dan keduanya mempunyai kedudukan yang sama (seimbang). Sebagai kepala eksekutif, Presiden berhak menunjuk pembantu-pembantunya yang akan memimpin departemennya masing-masing dan mereka diangkat dan diberhentikan oleh Presiden serta bertanggung jawab kepada Presiden. Maka dalam sistem ini dapat ditarik beberapa prinsip pemerintahannya, yaitu :
(a) Kepala Negara menjadi Kepala Pemerintahan.
(b) Pemerintah tidak bertanggung jawab kepada Parlemen (DPR). Pemerintah dan Parlemen adalah sejajar.
(c) Menteri-menteri diangkat dan bertanggung jawab kepada Presiden.
(d) Eksekutif dan legislatif sama kuat.
Dalam sistem referendum, badan eksekutif merupakan bagian dari badan legislatif yang merupakan Badan Pekerja Legislatif. Jadi dalam sistem referendum, badan legislatif membentuk sub badan di dalamnya sebagai pelaksana tugas pemerintah, dan kontrol terhadap badan legislatif dilakukan langsung oleh rakyat melalui badan Referendum .
Membicarakan sistem pemerintahan yang berlaku di Indonesia, maka hal ini dapat dibagi dalam beberapa periode karena dalam sejarah ketatanegaraan Indonesia pernah terjadi beberapa kali perubahan terhadap Undang-Undang Dasar yang berlaku. Periode tersebut antara lain :
1. Tanggal 18 Agustus 1945 Sampai 27 Desember 1949 (Berlakunya Undang-Undang Dasar 1945)
Pada periode ini sistem pemerintahan Negara Indonesia berdasarkan UUD 1945 menganut sistem pemerintahan presidensiil, dan sesuai dengan ciri sistem pemerintahan presidensiil maka pemegang kekuasaan negara dan pemerintahan adalah presiden. Hal tersebut terlihat dalam Pasal 4 ayat (1) UUD 1945 yang menyatakan : “Presiden Republik Indonesia memegang kekuasaan pemerintahan menurut Undang-Undang Dasar.” Selain itu bukti adanya sistem pemerintahan presidensiil yang dianut Indonesia pada saat itu adalah adanya peran menteri sebagai pembantu presiden yang bertanggung jawab kepada Presiden. Hal ini ditentukan dalam Pasal 17 ayat (1) UUD 1945 yang menyatakan : “Presiden dibantu oleh Menteri-Menteri Negara”, dan selanjutnya ditentukan dalam ayat (2) yang menyatakan : “Menteri-menteri itu diangkat dan diberhentikan oleh Presiden.”
Tetapi banyak pendapat para ahli yang mengatakan bahwa pada saat itu Negara Indonesia tidak menggunakan sistem presidensiil secara murni, tetapi menganut sistem parlementer semu (gabungan sistem presidensiil dan sistem parlementer). Hal ini dibuktikan dengan adanya pertanggungjawaban Presiden kepada MPR. Dalam sistem pemerintahan di Indonesia, walaupun Presiden tidak bertanggung jawab kepada DPR, tetapi Presiden bertanggung jawab kepada MPR, dan diketahui bahwa seluruh anggota DPR merupakan anggota MPR, jadi karena Presiden bertanggung jawab kepada MPR maka secara tidak langsung Presiden juga bertanggung jawab kepada DPR karena semua anggota DPR adalah Anggota MPR .
2. Tanggal 27 Desember 1949 Sampai 17 Agustus 1950 (Berlakunya Konstitusi Republik Indonesia Serikat 1949)
Pada periode ini, bentuk Negara Indonesia tidak lagi merupakan Negara Kesatuan melainkan berbentuk Negara Serikat, dan mengganti UUD 1945 dengan Undang-Undang Dasar yang baru disebut Konstitusi Republik Indonesia Serikat (KRIS). Maka seiring dengan hal tersebut, sistem pemerintahan Negara Indonesia berubah menjadi sistem pemerintahan parlementer, dan hal ini sesuai dengan Maklumat Pemerintah tanggal 14 November 1945. Selanjutnya sistem pemerintahan parlementer ini diatur dalam batang tubuh KRIS yaitu Pasal 1 ayat (2) KRIS yang menyatakan bahwa : “Kekuasaan berkedaulatan di dalam Negara Republik Indonesia Serikat dilakukan oleh pemerintah bersama-sama dengan DPR dan Senat.” Selanjutnya Pasal 68 ayat (2) KRIS menyatakan bahwa : “Yang dimaksud dengan pemerintah menurut KRIS adalah Presiden dengan seseorang atau beberapa atau para Menteri, yakni menurut tanggung jawab khusus atau tanggung jawab umum mereka itu.”
Jadi berdasarkan hal-hal di atas, maka jelaslah bahwa sistem pemerintahan Indonesia pada saat berlakunya KRIS, mempergunakan sistem Pertanggungjawaban Menteri atau Kabinet Parlementer, artinya para Menteri lah yang bertindak sebagai penyelenggara pemerintahan, dan mereka bertanggung jawab kepada Parlemen.
3. Tanggal 17 Agustus 1950 Sampai 5 Juli 1959 (Berlaku Undang-Undang Dasar Sementara 1950)
Sejak Proklamasi Kemerdekaan Bangsa Indonesia tanggal 17 Agustus 1945, cita-cita yang ingin dicapai seluruh rakyat Indonesia adalah ingin membentuk Negara Kesatuan, oleh sebab itu bentuk Negara Federasi yang pernah dipakai oleh Bangsa Indonesia dirasakan sangat tidak sesuai dengan apa yang telah dicita-citakan oleh Bangsa Indonesia. Maka beberapa Negara Bagian yang tergabung dalam Republik Indonesia Serikat atas inisiatif sendiri mengadakan musyawarah dengan tujuan untuk membentuk kembali Negara Kesatuan Republik Indonesia. Akhirnya dengan dikeluarkannya Undang-Undang Federal No. 7 tahun 1950, ditetapkanlah UUDS 1950 sebagai pengganti KRIS, yang diundangkan pada tanggal 17 Agustus 1950, dan sejak saat itu bentuk Negara Indonesia berubah dari Negara Federasi menjadi Negara Kesatuan.
Sistem pemerintahan yang berlaku menurut UUDS 1950 adalah sistem pemerintahan Kabinet Parlementer atau pertanggung jawaban Dewan Menteri kepada Parlemen, dan Presiden hanyalah bertindak sebagai kepala Negara dan bukan sebagai kepala pemerintahan, hal ini sesuai dengan ciri-ciri sistem pemerintahan parlementer.
Ketentuan dianutnya sistem parlementer dalam UUDS 1950 diatur dalam Pasal 83 ayat (1) yang menyatakan : “Presiden dan Wakil Presiden dalam penyelenggaraan pemerintahan tidak dapat diganggu gugat.” Selanjutnya dalam ayat (2) dinyatakan : “tetapi yang harus bertanggung jawab atas seluruh kebijaksanaan pemerintah ialah Menteri. Menteri baik itu secara bersama-sama untuk seluruhnya, maupun masing-masing untuk bagiannya sendiri.” Dari dua ketentuan tersebut terlihat jelas bahwa Kabinet (Dewan Menteri) dapat dijatuhkan Parlemen yaitu jika parlemen mempunyai cukup alasan bahwa suatu kebijakan yang dibuat pemerintah tidak dapat diterima atau tidak dapat dipertanggungjawabkan.
4. Tanggal 5 Juli 1959 Sampai Tahun 1999 (Undang-Undang Dasar 1945 Sebelum Amandemen)
Pasal 134 UUDS 1950 menyatakan : “Konstituante (Sidang Pembuat Undang-Undang Dasar) bersama-sama dengan pemerintah selekas-lekasnya menetapkan Undang-Undang Dasar Republik Indonesia yang akan menggantikan Undang-Undang Dasar Sementara ini.” Dari ketentuan pasal tersebut maka jelaslah bahwa UUDS 1950 hanya berlaku untuk sementara waktu saja dan konstituante diberi tugas untuk membuat Undang-Undang Dasar yang akan berlaku permanen. Karena pada saat itu terjadi permasalahan dalam sistem ketatanegaraan yang disebabkan karena Konstituante tidak berhasil membuat Undang-Undang Dasar yang baru sebagai pengganti UUDS 1950, maka Presiden Soekarno mengeluarkan Dekrit Presiden 5 Juli 1959, yang berisi :
(a) Pembubaran Konstituante.
(b) Penetapan berlakunya kembali UUD 1945 dan tidak berlakunya kembali UUDS 1950.
(c) Rencana pembentukan MPRS dan DPAS dalam waktu yang sesingkat-singkatnya. Dengan dikeluarkannya Dekrit Presiden 5 juli 1959, maka UUD 1945 kembali berlaku sebagai konstitusi bagi Negara Indonesia.
Dalam Penjelasan UUD 1945 disebutkan secara jelas dan sistematis mengenai tujuh kunci pokok sistem pemerintahan di Indonesia, yaitu (Bambang Waluyo, S.H., 1991 : 1-2) :
(a) Negara Indonesia adalah negara yang berdasar atas hukum (rechtssaat) dan tidak berdasar atas kekuasaan belaka (maachstaat). Hal ini berarti bahwa pemerintah dan lembaga-lembaga negara lain dalam melakukan tindakan apapun harus berdasarkan atas hukum dan dapat dipertanggungjawabkan secara hukum.
(b) Sistem konstitusional. Artinya pemerintah berdasar atas sistem konstitusi (hukum dasar) dan tidak berdasar absolutisme (kekuasaan yang tidak terbatas).
(c) Kekuasaan Negara tertinggi berada di tangan Majelis Permusyawaratan Rakyat (MPR).
(d) Presiden adalah penyelenggara pemerintahan Negara yang tertinggi dibawah MPR.
(e) Presiden tidak bertanggung jawab kepada DPR.
(f) Menteri Negara ialah pembantu Presiden, dan tidak bertanggung jawab kepada DPR.
(g) Kekuasaan kepala Negara tidak tak terbatas.
Tahun 1999 Sampai Sekarang (Undang-Umdamg Dasar 1945 Pasca Amandemen)
Reformasi yang terjadi di Negara Indonesia pada tahun 1998 telah menimbulkan perubahan yang sangat besar bagi Bangsa Indonesia, tak terkecuali dalam bidang ketatanegaraan Negara Indonesia. Salah satu hasil reformasi dalam bidang ketatanegaraan adalah dengan diamandemennya UUD 1945 sebanyak empat kali. Telah diketahui bahwa sejak dikeluarkannya Dekrit Presiden 5 Juli 1959 yang salah satu isinya adalah dengan menetapkan berlakunya kembali UUD 1945, sampai berakhirnya kekuasaan rezim Soeharto, UUD 1945 sebagai dasar konstitusional Negara Indonesia sama sekali belum pernah mengalami perubahan untuk disempurnakan. Hal ini terjadi karena pada masa rezim Soeharto atau yang biasa dikenal dengan rezim Orde Baru (Orba), UUD 1945 merupakan suatu yang “disakralkan” dan tidak dapat diubah oleh siapa pun, serta adanya ancaman dan stigma subversive bagi siapa saja yang mencoba untuk mengubah UUD 1945 karena pada masa itu hanya pemerintah orde baru saja yang berhak untuk menafsirkan UUD 1945. Hal ini terlihat sangat ironis karena dalam batang tubuh UUD 1945 sendiri, khususnya Pasal 37 UUD 1945 memberikan suatu kesempatan atas perubahan terhadap UUD 1945 dengan aturan-aturan yang telah diatur secara jelas. Tetapi yang terjadi adalah peluang tersebut “dimatikan” dengan dikeluarkannya Tap MPR No. I/MPR/1983 jo Tap MPR No. VII/MPR/1988 jo UU No. 5 tahun 1985 tentang Referendum.
Dengan diadakannya reformasi, termasuk di dalamnya reformasi dalam bidang ketatanegaraan, maka keinginan untuk mengubah dan menyempurnakan UUD 1945 yang selama ini merupakan sesuatu yang disakralkan, tidak dapat dibendung lagi, karena memang pada dasarnya UUD 1945 yang ditetapkan sehari setelah Proklamasi Kemerdekaan Indonesia adalah bersifat sementara dan karena itu perlu disempurnakan dan dilengkapi. Dalam perubahan UUD tersebut, fraksi-fraksi di MPR menyepakati beberapa hal yang tidak menyangkut dan mengganggu eksistensi negara. Isi kesepakatan tersebut yaitu (Ni’matul Huda, 2003: 13) :
(a) Tidak mengubah Pembukaan UUD 1945.
(b) Tetap mempertahankan bentuk Negara Kesatuan Republik Indonesia.
(c) Mempertegas sistem pemerintahan presidensiil.
(d) Menghapuskan penjelasan UUD 1945, dan memasukan hal-hal yang bersifat normatif dari penjelasan kedalam pasal-pasal di Batang Tubuh UUD 1945.
(e) Perubahan dilakukan dengan cara addendum.
Dengan diamandemennya UUD 1945 maka hal ini juga turut mempengaruhi sistem pemerintahan yang berlaku di Indonesia. Walaupun dalam mengamandemen UUD 1945 tersebut telah disepakati bahwa bentuk Negara Indonesia adalah tetap berbentuk Negara Republik Kesatuan, tetapi hal ini mempengaruhi sistem pemerintahan yang telah berlaku di Indonesia. Hal tersebut terdapat dalam salah satu kesepakatan perubahan UUD yaitu dengan mempertegas sistem pemerintahan presidensiil yang bertujuan untuk lebih memperkuat sistem pemerintahan yang stabil dan demokratis. Menurut Jimly Asshiddiqie sebagaimana dikutip oleh Ni’matul Huda dalam bukunya “Politik Ketatanegaraan Indonesia (Kajian Terhadap Perubahan UUD 1945)”, menyatakan bahwa Penegasan sistem presidensiil yang terjadi pasca amandemen UUD 1945 dapat terlihat pada beberapa prinsip pemerintahan dibawah ini:
(a) Presiden dan Wakil Presiden merupakan penyelenggara kekuasaan eksekutif negara yang tertinggi di bawah UUD.
(b) Presiden dan Wakil Presiden dipilih secara langsung oleh rakyat, dan oleh sebab itu secara politik Presiden tidak lagi bertanggung jawab kepada MPR, tetapi Presiden dan Wakil Presiden bertanggung jawab langsung kepada rakyat yang memilihnya.
(c) Presiden dan/atau Wakil Presiden dapat dimintakan pertanggungjawabannya secara hukum jika Presiden dan/atau Wakil Presiden melakukan pelanggaran hukum dan konstitusi, pelaksanaan pertanggung jawaban itu dilaksanakan di depan lembaga Mahkamah Konstitusi.
(d) Menteri adalah pembantu Presiden yang diangkat dan diberhentikan oleh Presiden, maka Menteri bertanggung jawab kepada Presiden dan bukan kepada Parlemen.
(e) Untuk membatasi kekuasaan Presiden dan untuk menjamin stabilitas pemerintahan, maka ditentukan bahwa masa jabatan Presiden tidak boleh lebih dari dua kali masa jabatan.
Selain hal di atas, amandemen yang dilakukan terhadap UUD 1945 juga mengakibatkan pergeseran kekuasaan Presiden dalam membentuk Undang-Undang (UU), hal ini diatur dalam Pasal 5 ayat (1) UUD 1945 pasca amandemen yang menyatakan : “Presiden berhak mengajukan Rancangan Undang-Undang kepada Dewan Perwakilan Rakyat.”, sedangkan DPR berdasarkan Pasal 20 ayat (1) UUD 1945 pasca amandemen mempunyai kekuasaan untuk membentuk Undang-Undang. Maka dengan adanya perubahan terhadap pasal ini mengakibatkan peralihan dominasi kekuasaan legislatif dari tangan Presiden ke tangan DPR. Dengan adanya perubahan kewenangan dalam membentuk UU ini, maka terjadi perubahan dalam sistem pembagian kekuasaan (Distribution of power) dengan supremasi MPR nya, menjadi pemisahan kekuasaan (separation of power) dengan prinsip check and balances. Hal ini juga merupakan indikasi dari adanya keinginan untuk memperkuat sistem presidensiil dalam praktek ketatanegaraan di Indonesia.