MPR bukan lagi sebagai lembaga tertinggi, tetapi MPR mempunyai kedudukan yang sama dengan DPR dan DPD, yang dipandang sama-sama sebagai lembaga Negara, dimana dipandang dari keanggotaannya MPR terdiri dari DPR dan DPD yang dipilih melalui pemilu.
3.2. Hubungan MPR dengan Presiden
1. Presiden dan wakil presiden dipilih oleh MPR.
2. Sebelum memangku jabatannya, presiden dan wakil presiden bersumpah menurut agama, atau berjanji dengan sungguh-sungguh di hadapan Majelis Permusyawaratan Rakyat (MPR) atau Dewan perwakilan Rakyat (DPR). Jika Majelis Permusyawaratan Rakyat (MPR) atau Dewan Perwakilan Rakyat (DPR) tidak dapat mengadakan siding, presiden dan wakil presiden bersumpah atau berjanji di depan pimpinan MPR disaksikan oleh pimpinan Mahkamah Agung (MA).
3. Bila wakil presiden berhalangan, presiden dan / atau DPR (DPR) dapat meminta Majelis Permusyawaratan Rakyat (MPR) mengadakan siding khusus untuk memilih wakil presiden.
4. Presiden dan wakil presiden dapat diberhentikan oleh MPR sebelum habis masa jabatannya, baik ketika telah terbukti telah melakukan pelanggaran hukum berupa penghianatan terhadap negara, korupsi, penyuapan, tindak pidana berat lainnya, atau perbuatan tercela maupun apabila tidak lagi memenuhi syarat sebagai presiden dan / atau wakil presiden.
5. Dalam hal terjadi kekosongan jabatan wakil presiden, MPR memilih wakil presiden dari dua calon yang diusulkan oleh presiden.
6. Presiden dan wakil presiden menyampaikan penjelasan dalam siding paripurna MPR sebelum MPR memutuskan usul DPR mengenai pemberhentian presiden dan / atau wakil presiden.
7. Presiden meresmikan keanggotaan MPR dengan keputusan presiden.
3.3. Hubungan DPR dengan Presiden
1. Presiden bekerja sama dengan DPR, tetapi tidak bertanggung jawab kepada DPR dan tidak dapat membekukan dan / atau membubarkan DPR, sebaliknya DPR tidak dapat memberhentikan presiden.
2. DPR berkewajiban mengawasi tindakan-tindakan presiden dalam menjalankan Hukum.
3. Sebelum memangku jabatannya, presiden dan wakil presiden bersumpah menurut agama atau berjanji dengan sungguh-sungguh di hadapan MPR atau DPR.
4. DPR bersama dengan presiden menjalankan fungsi-fungsi legislasi.
5. Presiden dengan persetujuan DPR menyatakan perang, membuat perdamaian dan perjanjian dengan negara lain.
6. Presiden mengangkat duta dan menerima penempatan duta dari negara lain dengan memperhatikan pertimbangan DPR.
7. Presiden memberikan amnesti dan abolisi dengan memperhatikan pertimbangan DPR.
8. Presiden menetapkan hakim agung dan meresmikan anggota Badan Pemeriksa Keuangan yang telah dipilih dan disetujui DPR dan 3 orang hakim konstitusi yang diajukan DPR dan mengangkat dan memberhentikan anggota komisi yudisial dengan persetujuan DPR.
3.4. Hubungan Presiden dengan DPA
a. Presiden membentuk suatu dewan pertimbangan yang bertugas memberikan nasehat dan pertimbangan kepada Presiden, yang selanjutnya diatur dalam Undang-undang
b. Dewan ini berkewajiban member jawaban atas pertanyaan Presiden dan berhak memajukan
usul kepada Presiden
3.5. Hubungan Presiden dengan Kementerian Negara
a. Setiap menteri membidangi setiap urusan tertentu dalam pemerintahan
b. Pembentukan, pengubahan, dan pembubaran kementerian Negara diatur dalam UU Pasal 17 ayat (4)
3.6. Hubungan Presiden/Pemerintah dengan Mahkamah Agung
1. Melakukan peradilan, melakukan pengawasan tertinggi terhadap jalannya peradilan
2. Memberikan pertimbangan-pertimbangan kepada Presiden tentang permohonan grasi.
Kesimpulan :
Setelah perubahan UUD 1945 dimana MPR tidak lagi sebagai lembaga tertinggi Negara melainkan posisinya sama dengan lembaga-lembaga Negara lainnya, maka dapat disimpulkan bahwa perubahan UUD 1945 memberi dampak besar bagi perubahan sistem ketatanegaraan di Indonesia, dimana sekarang Indonesia menganut sistem pemisahan kekuasaan berdasarkan prinsip check and balances, dimana kedudukan antar lembaga setara dan saling mengawasi. Prinsip ini lahir agar dalam pemisahan kekuasaan tidak terjadi kebuntuan hubungan antarcabang kekuasaan serta untuk mencegah terjadinya penyalahgunaan di dalam satu cabang kekuasaan. Hal ini dapat dilihat dari hubungan setiap lembaga Negara dalam menjalankan fungsinya memberikan suatu hubungan yang signifikan dan diatur dalam UU sehingga memiliki dasar hukum yang mengikat dalam implementasi prinsip check and balances tersebut.
