Menurut UUD 1945 setelah amandemen tidak ada lagi lembaga tertinggi negara. UUD 1945 hasil amandemen menciptakan lembaga-lembaga negara dalam hubungan fungsional yang horisontal, buka dalam hubungan strukural dan vertikal.
MPR yang sekarang ini tidak sama seperti MPR yang melakukan sepenuhnya kedaulatan rakyat sesuai dengan ketetuan yang disebutkan dalam pasal 1 ayat 2 UUD 1945 yang asli. penyebutan MPR sebagai lembaga tertinggi di masa lalu didasarkan pada bunyi penjelasan, bagian sistem pemerintahan Negara butir III, yang menggariskan bahwa "kekuasaaan Negara yang tertinggi di tangan Majelis Permusyawaratan Rakyat", yang kemudian dimasukan pula di dalam Ketetapan MPRs No. XX/MPRS/1966.
Sekarang ini MPR bukan lagi pelaksanaan kedaulatan rakyat karena pasal 1 ayat 2 sudah diamandeman dengan ketentuan baru yang berbunyi "kedaulatan berada di tangan rakyat dan dilaksanakan menurut Undang-Undang Dasar". kedudukan MPR sekarang ini bukan tertinggi lagi, tapi sejajar dengan lembaga negara alinnya seperti Presiden, DPR,MA,MK da BPK. Dengan demikian, meskipun MPR berwenang untuk mengubah UUD serta berwenang melakukan impeachment terhadap presiden, ia bukan lembaga tertinggi, sebab kewenangan ini hanya pemeberan fungsi sebagai bagian dari proses-proses di lembaga negara lainnya.
